在宪宗第五次迎奉佛骨后，佛教又得到了进一步发展。到武宗时，“天下僧尼不可胜数，皆待农而食，待蚕而衣”。会昌元年(841)唐武宗下诏焚烧佛经，毁拆佛像，勒令僧尼还俗。这就是历史上有名的“会昌法难”。作为皇家寺院的法门寺也在劫难逃，甚至连佛祖真身也险遭厄运。武宗崩后，皇太叔宣宗即位，再一次恢复佛法。公元859年，宣宗死，懿宗李漼继位，在他执政的日子里，藩镇势力重又扩张，南蛮戍卒反叛，大唐王朝气息奄奄。

咸通十四年，懿宗染病久治不愈，迫感来日不多，于是便把国家前途和自己的命运都托付给佛祖。法门寺地宫出土的捧真身菩萨手捧发愿文匾上錾文为：“奉为睿文英武，明德至仁，大圣广孝皇帝，敬造捧真身菩萨，永为供养，伏愿圣寿万春，圣枝万叶，八荒来服，四海无波。咸通十二年辛卯岁十一月十四日皇帝延庆日记”。这便是懿宗迎奉佛骨舍利的目的。

此次迎佛骨，自懿宗咸通十二年(871)八月应九龙山禅僧师益之请在法门寺“结坛于塔下”并造捧真身菩萨、双轮十二环迎真身银金花锡杖等，至十四年四月八日迎入长安，到十二月僖宗诏还法门寺。这是一次声势浩大，供品最多，耗费空前的迎奉，可谓集前代历次佛事侈靡之大成，禁军兵杖，香刹宝帐，无所不用其极，远非一般法事，而是国家大典。

咸通十四年迎佛盛况见于多种史籍。《大唐咸通启送岐阳真身志文》记载：咸通十四年二月二十二日，懿宗下诏令供奉官李奉建、高品彭延鲁、库家齐询敬，左右街僧录、清澜、彦楚、首座僧澈、惟应、大师重谦、云颢、慧晖等同赴法门寺迎请佛祖真身舍利。当时凤翔监军使王景珣，观察判官王充也一同前来来护送。此次迎请佛骨，群臣谏阻的人很多。甚至有人说唐宪宗就是因为迎佛骨而晏驾的。但皇上说：“只要在我的有生之年能见到佛指舍利，我就是死也没有什么遗憾的!”于是下令广造浮图、宝帐、香舆、幡、盖以迎奉佛骨，并且都以金玉、锦绣、珠翠作为装饰。从京城到法门寺的300里间，车水马龙，昼夜不断。四月八日，佛骨迎至京城，即以御林军作为仪仗队，朝廷和私人的音乐班子竞相施展手段，一时天地间也沸腾了。而各种仪仗绵亘数十里，这种盛大的场面，比皇帝在郊外的祭祀还要隆重。元和年间的迎奉场面比起这一次差的很远了。在长安城内的大街上，富贵人家在道路两边搭起高大的彩楼并举行大型室外法事活动，竞相表现其虔诚之心。懿宗皇帝也亲自到安福门礼拜、迎请佛指舍利，他激动得泪流满面。当即赏赐参与法事的僧人以及京城内曾经见到元和迎奉佛骨盛况的耆老之人以金帛。随后即将佛骨迎入宫中，三天后，请出佛骨在安国、崇化两寺供养。宰相以下竞相施舍金银珠宝，多得不可胜数。其后遂以金银为宝刹，以珠玉为宝帐香舁，用孔雀毛装饰其宝刹，小者高一丈，大者二丈。刻香檀为飞帘，花槛瓦木阶砌之类，其上遍以金银覆盖。当时有的军卒，将左臂砍断于佛前，以右手执之，一步一礼，血流满地。又有僧人将艾放在头顶上点燃，叫做“炼顶”。坊市之内的许多豪富之家，都组织僧人举行盛大的佛事活动。也有用水银做成大水池，用金银珠玉做成树木，并聚集僧徒，四处设立僧像，吹螺击钹，灯烛相继，一片灯火辉煌。也有人用丝绸做成小车，人站在上面载歌载舞。这年的秋天，懿宗皇帝驾崩。